Ende 1994 kam es in Asyut, im Süden des Landes, zu Überschwemmungen aufgrund starker Regenfälle und zur Explosion eines Erdöldepots. Beide Ereignisse forderten zahlreiche Todesopfer, und viele tausend Menschen verloren dabei ihr Zuhause. SOS-Kinderdorf International reagierte sofort und startete ein SOS-Nothilfeprogramm. Ein Nothilfedorf für 42 Familien, ein medizinisches Zentrum und ein Sozialzentrum wurden für die betroffene Bevölkerung eingerichtet. 1995 wurde mit Frau Mubarak, der First Lady Ägyptens, der Grundstein für eine SOS-Hermann-Gmeiner Sekundarschule in Kairo gelegt. Am Beginn des Schuljahres 1997 ging der Schulkomplex mit einer Kapazität von 3.000 Schülern in Betrieb. Diese Schule wird von der „Futures Language School“ Group geführt.
Mitte 2003 wurde ein Projekt für die Betreuung von unbegleiteten minderjährigen Kindern zusammen mit dem UNHCR gestartet. Es handelt sich dabei um Flüchtlinge aus verschiedenen afrikanischen Ländern, die vom Krieg betroffen sind. Ziel dieser Aktion ist es, entweder diese Kinder in die Heimat zurückzusenden, nachdem die jeweiligen Konflikte gelöst wurden, oder sie im Ausland anzusiedeln.
Ende 2004 startete SOS-Kinderdorf ebenfalls in der Gegend in und um Kairo ein Familienförder-programm. Ziel dieses Programms ist es, Kindern, die Gefahr laufen, von ihrer Herkunftsfamilie getrennt zu werden, den Verbleib in ihrer Familie zu sichern. In 2006 wurde ein ähnliches Programm in Alexandria gestartet. Um dies zu erreichen, arbeitet SOS-Kinderdorf direkt mit den Familien und den jeweiligen Gemeinden und stärkt sie in ihren Kapazitäten, die Kinder bestmöglich zu betreuen und zu schützen. Organisiert wird diese Präventivarbeit gemeinsam mit lokalen Behörden und anderen Sozialpartnern.
Zurzeit gibt es in Ägypten drei SOS-Kinderdörfer, drei SOS-Jugendeinrichtungen, zwei SOS-Kindergärten und drei SOS-Sozialzentren.