Als Standort für die Errichtung des ersten SOS-Kinderdorfes mit angeschlossenem SOS-Kindergarten wurde die Hauptstadt Mogadishu gewählt, da dort die Regierung ein geeignetes Grundstück zur Verfügung gestellt hatte. Das SOS-Kinderdorf Mogadishu liegt etwa neun Kilometer vom Stadtzentrum entfernt (im Waharadde Estate). Es umfasst 12 Familienhäuser, Dorfleiterhaus, Verwaltungs- und Servicetrakt, Gästehaus, Tantenhaus (SOS-Tanten kümmern sich in Abwesenheit der SOS-Mütter um die Kinder), Sportplatz und Werkstatt.
Der SOS-Kindergarten besteht aus vier Gruppenräumen, Küche, Spielplatz und einigen Nebenräumen. Er bietet Platz für ca. 120 Kinder aus dem SOS-Kinderdorf und seiner Umgebung. Sobald die Jugendlichen des SOS-Kinderdorfes ein gewisses Alter erreicht haben, beziehen das im Jahre 1994 errichtete SOS-Jugendhaus. Die Unterbringung in einem SOS-Jugendhaus bedeutet für die Jugendlichen ein hohes Maß an Eigenverantwortung. Sie leben dort in relativer Selbständigkeit und werden lediglich von einem Erzieher betreut. Der Aufenthalt im Jugendhaus wird mit ca. vier Jahren angesetzt, wobei die Jugendlichen im Falle eines Studiums an der Universität länger dort bleiben können.
Das SOS-medizinische Zentrum (SOS-Mutter-Kind-Klinik) besteht aus 26 Krankenbetten, 19 Behandlungsräumen, einem Kreissaal, einem Operationssaal, einer Apotheke, einem Labor und einer Blutbank. An die 100 Patienten erhalten täglich medizinische Betreuung von drei Gynäkologen, 18 Hebammen und einigen Krankenschwestern. Durchschnittlich 14 Babys pro Tag erblicken in dieser Klinik das Licht der Welt. Der Operationssaal wird hauptsächlich für Kaiserschnitt-Geburten, aber auch für andere Operationen genützt. Um die vorgeburtliche Betreuung der werdenden Mütter zu verbessern, wurde ein spezifisches Programm ins Leben gerufen, welches sich "mother child health programme" nennt. Dieses Programm beinhaltet eine regelmäßige und strukturierte Erfassung der Vorsorgeuntersuchungen, Gesundheits- und Ernährungsberatung und Impfungen.
Um Jugendlichen, die den Wunsch haben, als Krankenpfleger/in oder Hebamme zu arbeiten, eine Berufsausbildung zu ermöglichen, gründete SOS-Kinderdorf Somalia das SOS-Berufsbildungszentrum für Krankenpflegeberufe und Hebammen. Das drei-jährige Ausbildungsprogramm, das auch praktischen Unterricht im SOS-medizinischen Zentrum beinhaltet, schließt mit einem Diplom als staatlich geprüfte Krankenschwester bzw. Hebamme ab. Dieses SOS-Berufsbildungszentrum ist das einzige seiner Art in Somalia.
Die SOS-Hermann Gmeiner Schule (HGS) lag ursprünglich neben der SOS-Mutter-Kind Klinik. Infolge der Kriegsereignisse wurde die Schule 1991 in die SOS-Notklinik umfunktioniert. Zwischen 1991 und 1994 waren daher unsere Kinder gezwungen, einen provisorischen Unterricht zu besuchen, der auf dem Gelände des SOS-Kinderdorfes stattfand. Die neue HGS wurde schließlich neben dem SOS-Kinderdorf gebaut und konnte Ende des Jahres 1994 ihren Betrieb aufnehmen. Die HGS bietet einen gediegenen Rahmen für die Ausbildung der Kinder und umfasst eine Bücherei, Versuchslabor, Computerausstattung, Spielplatz, gut aufgeteilte Klassenräume, Aufenthaltsräume für alle Lehrer und Büroräume. Hinsichtlich der Qualität der Ausbildung ist die HGS eine der besten Schulen in Mogadishu, da sie einen gut konzipierten Lehrplan und gut qualifizierte Lehrer hat. Viele der Schulabgänger - SOS-Jugendliche sowie Jugendliche aus der Umgebung - konnten ihre Ausbildung an verschiedenen Universitäten in anderen Ländern fortsetzen. Da sich die Sicherheitslage in Mogadishu ständig ändert, muss leider der Unterricht immer wieder kurzfristig unterbrochen werden, um die Sicherheit der Schüler nicht zu gefährden.